Kompare maakt de taak van het toepassen en ongedaan maken van verschillen net zo simpel als wijzen en klikken. U kunt meerdere keren toepas en ongedaan maak operaties toepassen zolang alle uitgevoerde operaties nog in het geheugen zijn en nog niet naar de harde schijf weggeschreven.
Om een verschil toe te passen, klikt u op het gemarkeerde verschil, en selecteer vervolgens → (Spatie).
Om een toegepaste verschil ongedaan te maken, klikt u op de eerder toegepaste verschil en selecteer vervolgens → (Backspace).
Na recenseren van de verschillen tussen de bestanden en het besluit dat ze allemaal acceptabel zijn, is het mogelijk om ze allemaal in een enkele bewerking toe te passen door te klikken op → (Ctrl+A).
Om alle toegepaste verschillen weer ongedaan te maken selecteert u → (Ctrl+U).