Le cartelle sono gestite in modo fondamentalmente diverso dai file in CVS. Non sono sotto controllo di revisione, cioè non è possibile dire quali cartelle esistessero nel progetto a un certo momento. Inoltre, le cartelle non possono mai essere rimosse esplicitamente (a meno di non eliminarle direttamente nel deposito).

Per alleviare il problema, CVS segue la convenzione che una cartella «non esiste» se è vuota in una particolare revisione. Questa convenzione può essere applicata dando l'opzione -P ai comandi cvs update e cvs checkout. Questa opzione può essere impostata con Impostazioni → Elimina le cartelle vuote durante l'aggiornamento.

Una cartella può essere aggiunta al deposito selezionando File → Aggiungi al deposito o facendo clic con il tasto destro del mouse e selezionando Aggiungi al deposito dal menu contestuale. Nota che, al contrario di quando si aggiungono file, l'aggiunta delle cartelle non richiede un deposito. Cervisia dà il comando:

cvs add nome_cartella