Come per l'aggiunta, la rimozione dei file si fa in due passi: primo, i file vanno indicati come da rimuovere selezionando File → Rimuovi dal deposito, o facendo clic con il tasto destro del mouse sui file selezionati e scegliendo Rimuovi dal deposito dal menu contestuale. Apparirà la finestra Rimuovi da CVS, con un elenco dei file che hai selezionato, per richiedere conferma. Premi OK. Cervisia dà il comando:

cvs remove -f nomi_dei_file

Dopodiché, questa modifica della copia locale va depositata, eventualmente con altre modifiche apportate al progetto.