Курсор у вікнах вхідних даних програми показано не буде, отже вибір слід робити за допомогою миші: натисніть ліву кнопку миші, коли вказівник знаходитиметься на початку області вибору, утримуючи кнопку натиснутою, пересуньте вказівник у кінцеву точку області вибору, після чого відпустіть кнопку. Вибрати слово можна наведенням вказівника миші на це слово з наступним подвійним клацанням. Вибір у вікні редактора виводу об'єднання можна здійснювати за допомогою клавіатури: утримуйте натиснутою клавішу Shift і пересувайте межу області вибору за допомогою навігаційних клавіш.

Якщо вибраний фрагмент не може бути показаний у видимому діапазоні тексту, ви можете пересунути вказівник миші за межі вікна програми, що спричинить гортання тексту програмою KDiff3 у відповідному напрямку.

Для вибору дуже великих фрагментів тексту ви можете також скористатися натисканням клавіш навігації з одночасним утримуванням натиснутою кнопки миші. Наприклад, можна скористатися клавішами Page Up і Page Down, щоб швидко перейти до певної позиції. Коли вибір досягне потрібної позиції, відпустіть кнопку миші.

Щоб позначити увесь вміст поточного вікна, скористайтеся пунктом меню Зміни → Вибрати все (Ctrl+A).

Щоб скопіювати вибране до буфера обміну даними, вам слід натиснути кнопку Копіювати (або скористатися комбінацією клавіш Ctrl+C чи Ctrl+Ins). Крім цього, передбачено пункт «Автоматичне копіювання позначеного». Якщо його буде позначено, всі вибрані вами фрагменти буде негайно скопійовано, вам не доведеться явно користуватися дією з копіювання. Але користуйтеся цією можливістю обережно, оскільки за її використання ви можете випадково пошкодити вміст буфера обміну даними.

Дія Вирізати (Ctrl+X або Shift+Del) призводить до копіювання фрагмента тексту до буфера обміну даним з наступним його вилученням з тексту.

Команда Вставити (клавіатурні скорочення Ctrl+V або Shift+Ins) вставляє текст з буфера обміну даними у позицію курсора або замість вибраного тексту. Якщо ви виконаєте команду вставлення у будь-якому з вікон вхідних даних, у цьому вікні буде показано вміст буфера обміну даними, а порівняння буде негайно перезапущено. Ця дія буде корисною, якщо вам потрібно нашвидкуруч порівняти взятий звідкись фрагмент тексту з іншим фрагментом без створення файлів з текстом фрагментів.