Збереження стане можливим, лише якщо буде розв'язано всі конфлікти. Якщо файл вже існує і ви позначите пункт Файли резерву на сторінці Тека діалогового вікна параметрів програми, наявний файл буде перейменовано з додаванням суфікса .orig, якщо ж файл з таким суфіксом вже існуватиме, його буде перезаписано. Якщо на час завершення роботи програми або початку іншого порівняння відмінностей дані ще не буде збережено, KDiff3 запитає вас про те, яку дію ви бажаєте виконати: зберегти файл, скасувати завершення редагування або продовжити без збереження файла. (Сама програма KDiff3 не перехоплює ніяких сигналів. Отже, якщо ви скористаєтеся командою на зразок «kill» щодо KDiff3, ваші дані буде втрачено.)

Програма використовуватиме символи завершення рядків, які характерні для системи, у які запущено програму. У UNIX® всі рядки завершуються символом переходу на наступний рядок «\n», у системах заснованих на архітектурі Win32 всі рядки завершуються сукупністю символу повернення каретки і переходу на наступний рядок «\r\n». KDiff3 не зберігає символи завершення рядків, використані у файлах з вхідними даними, а це означає, що не слід використовувати KDiff3 для двійкових даних.