Opslaan is alleen toegestaan als alle conflicten opgelost zijn. Als het bestand al bestaat en de optie Reservekopie ingeschakeld is op item Map in de instellingendialoog, wordt het bestaande bestand hernoemd met een extensie .orig, een bestaande reservekopie wordt hierbij overschreven. Als u afsluit of een andere verschillenanalyse start en de gegevens nog niet zijn opgeslagen, vraagt KDiff3 u of u wilt opslaan, annuleren of doorgaan zonder opslaan. (KDiff3 vangt geen signalen. Dus als u KDiff3 "kill"t gaan uw gegevens verloren.)

Regeleinden worden opgeslagen volgens de normale methode op het onderliggende besturingssysteem. Voor Unix-systemen eindigt elke regel met een 'linefeed' "\n", terwijl op Win32-systemen elke regel met een 'carriage-return' en een 'linefeed' eindigt "\r\n". KDiff3 bewaart de regeleinden van de invoerbestanden niet, hetgeen ook betekent dat u KDiff3 niet met binaire bestanden moet gebruiken.