U kunt naar tekenreeksen zoeken in elk tekstvenster van KDiff3. Het menu-item Bewerken → Zoeken... (Ctrl+F) opent een dialoog waarin u de te zoeken tekenreeks kunt opgeven. U kunt ook de vensters opgeven waarin gezocht moet worden. Zoeken begint altijd bovenaan. Gebruik het menu-item Bewerken → Volgende zoeken... (F3) om naar het volgende voorkomen door te gaan. Als u meerdere vensters opgeeft om in te zoeken wordt het eerste venster van boven naar beneden doorzocht, voordat het volgende venster weer van bovenaf wordt doorzocht, etc.