De invoervensters tonen geen cursor, dus selecteren moet gedaan worden met de muis door met de rechtermuisknop aan het begin te klikken, de muisknop ingedrukt te houden en naar het eind te bewegen, waar u de muisknop weer loslaat. U kunt ook een woord selecteren door erop te dubbelklikken. In de samenvoegeditor kunt u ook met het toetsenbord selecteren met Shift en de pijltoetsen.

Als datgene wat u wilt selecteren niet in het venster past dan kunt u de muis naar buiten de randen van het venster verplaatsen zodat KDiff3 in die richting schuift.

Bij zeer grote selecties kunt u ook de navigatie-toetsen gebruiken terwijl u de muis ingedrukt houdt. Gebruik b.v PgUp en PgDn om snel naar een bepaalde positie te gaan en laat op de gewenste positie de muisknop los.

Om alles in het huidige venster te selecteren gebruikt u het menu-item Bewerken → Alles selecteren (Ctrl+A).

Om naar het klembord te kopiëren moet u de knop Kopiëren indrukken (Ctrl+C of Ctrl+Ins). Maar er bestaat een optie Selectie automatisch kopiëren. Als deze is ingeschakeld, wordt geselecteerde tekst direct naar het klembord gekopieerd. Let er hierbij wel op dat bestaande inhoud van uw klembord niet per ongeluk ongewenst verwijderd wordt.

Knippen (Ctrl+X of Shift+Del) kopieert naar het klembord en verwijdert de geselecteerde tekst.

Plakken (Ctrl+V of Shift+Ins) plakt de tekst uit het klembord naar de cursorpositie. Als u plakt naar een willekeurig invoervenster dan krijgt u de klembordinhoud in dat venster te zien en zal de vergelijking onmiddellijk starten. Dit is handig als u snel een stuk tekst ergens vandaan haalt en dit wilt vergelijken met iets anders zonder eerst bestanden te hoeven aan te maken.