La finestre dell'ingresso non hanno un cursore, quindi le selezioni vanno fatte col tasto destro del mouse partendo dall'inizio, tenendolo premuto e spostandolo fino alla fine della selezione, dove lo rilasci. È possibile selezionare una singola parola facendo doppio clic. Nella finestra del risultato di fusione puoi anche selezionare con la tastiera, tenendo premuto il tasto Shift e navigando con i tasti freccia.

Se la selezione deve andare oltre la parte visibile sullo schermo, puoi spostare il mouse ai bordi della finestra, il che fa scorrere KDiff3 in quella direzione.

Per selezioni molto grandi, puoi anche usare i tasti di navigazione tenendo premuto il tasto sinistro del mouse. Per esempio, usa Pag↑ e Pag↓ per andare velocemente a un certo punto; a quel punto rilascia il mouse.

Per selezionare tutto nella finestra attiva, usa l'elemento di menu Modifica → Seleziona tutto (Ctrl+A).

Per copiare negli appunti devi premere il pulsante Copia (Ctrl+C o Ctrl+Ins). Esiste anche l'opzione Copia automatica nell'elemento Editor nella finestra di dialogo delle impostazioni: se è attiva, tutto quello che selezioni verrà copiato immediatamente, senza farlo esplicitamente. Fai però attenzione, perché i contenuti degli appunti potrebbero andare accidentalmente persi.

Taglia (Ctrl+X o Shift+Canc) copia negli appunti ed elimina il testo selezionato.

Incolla (Ctrl+V o Shift+Ins) inserisce il testo dagli appunti alla posizione del cursore o al posto della selezione attuale. Se incolli in una delle finestre di ingresso delle differenze, i contenuti degli appunti saranno mostrati in quella finestra, e il confronto verrà immediatamente riavviato. Ciò è utile se vuoi prendere del testo da qualche parte e confrontarlo con qualcos'altro senza prima dover creare dei file.