Il salvataggio sarà permesso solo quando tutti i conflitti saranno stati risolti. Se il file esiste già, e l'opzione Copie di sicurezza è abilitata nell'elemento Cartella nella finestra di dialogo delle impostazioni, il file esistente sarà rinominato con l'estensione .orig, ma se quest'ultimo file esiste sarà rimosso. Se concludi o avvii una nuova analisi delle differenze, e i dati non sono stati ancora salvati, KDiff3 ti chiederà se vuoi salvare, annullare o procedere senza salvare. KDiff3 non intercetta nessun segnale, quindi se si «uccide» il processo di KDiff3 tutti i dati andranno persi.

I caratteri di fine riga sono salvati secondo il metodo appropriato per il sistema operativo in uso. Sui sistemi Unix ogni riga termina con il carattere "\n", mentre sui sistemi Windows ogni riga termina con i caratteri di ritorno a capo e di nuova riga, "\r\n". KDiff3 non mantiene i caratteri di fine riga originali del file, il che vuol dire che non dovresti usare KDiff3 con i file binari.