Poiché devono essere selezionabili molti file, il programma ha una particolare finestra per aprirli:

La finestra di apertura ti permette di scrivere il nome del file a mano, di selezionare un file con il navigatore mediante il pulsante File... o di scegliere i file più recenti da una lista a comparsa. Se riapri la finestra, i nomi attuali rimarranno lì. Il nome del terzo file di input non è necessario. Se il campo di C rimane vuoto, verrà fatta soltanto un'operazione di confronto tra due file.

Puoi anche selezionare una cartella con Cartella.... Se per A è specificata una cartella sarà automaticamente attivato il confronto o la fusione di cartelle. Se A specifica un file ma B, C o l'uscita specificano una cartella, KDiff3 usa il nome del file di A nelle cartelle specificate.

Se viene selezionata la casella di controllo Fondi, allora la riga Uscita diverrà modificabile. Però non è necessario specificare subito il nome del file in uscita: lo potrai specificare in seguito, fino al momento del salvataggio.

Il pulsante Configura... apre la finestra delle impostazioni per poter impostare le opzioni prima di avviare l'analisi.