In den Vergleichsfenstern wird kein Cursor angezeigt, daher müssen Markierungen mit der Maus gemacht werden. Drücken Sie am Beginn der Markierung die rechte Maustaste und halten Sie sie gedrückt, ziehen Sie die Maus dann bis zum Ende der Markierung und lassen Sie hier die Maustaste wieder los. Ein einzelnes Wort kann auch einfach durch einen Doppelklick darauf markiert werden. Im Ergebnisfenster können Sie zum Markieren auch die Tastatur benutzen. Drücken Sie dazu die Umschalt-Taste und verändern Sie die Markierung mit den Pfeiltasten.

Wenn die Auswahl den auf dem Bildschirm angezeigten Bereich überschreitet, schieben Sie den Mauszeiger über den Rand des Fensters. Dann blättert KDiff3 in dieser Richtung.

Für eine sehr große Auswahl können Sie auch die Navigationstasten zusammen mit gedrückter Maustaste verwenden. Benutzen Sie zum Beispiel die Tasten Bild ab und Bild auf, um schnell zu einer bestimmten Position zu gehen. Haben Sie die gewünschte Endposition erreicht, lassen Sie die Maustaste los.

Um den gesamten Text im aktuellen Fenster auszuwählen, benutzen Sie im Menü Bearbeiten → Alles auswählen (Strg+A).

Um die Markierung in die Zwischenablage zu kopieren, müssen Sie den Knopf Kopieren (Strg+C oder Strg+Einfg) drücken. Es gibt auch die Option Auswahl automatisch kopieren im Abschnitt Editor im Einrichtungsdialog. Wenn diese aktiviert ist, wird, was immer Sie markieren, automatisch in die Zwischenablage kopiert und das manuelle Kopieren entfällt. Seien Sie mit dieser Option aber vorsichtig, denn Sie könnten so den Inhalt der Zwischenablage versehentlich überschreiben.

Ausschneiden (Strg+X or Umschalt+Entf) kopiert in die Zwischenablage und löscht den markierten Text.

Einfügen (Strg+V or Umschalt+Einfg) fügt den Text aus der Zwischenablage an der aktuellen Cursor-Position ein bzw. ersetzt die aktuelle Markierung. Wenn Sie den Inhalt der Zwischenablage in eines der Diff-Eingabefenster fügen, wird er hier angezeigt und der Vergleich wird sofort wieder neu gestartet. Dies ist nützlich, wenn Sie einen beliebigen Text irgend woher mit einem anderen Text vergleichen möchten, ohne dafür zuerst Dateien zu erstellen.