Speichern ist erst möglich, wenn alle Konflikte gelöst sind. Falls die Datei bereits existiert und die Option Sicherungskopie erstellen im Abschnitt Ordner im Einrichtungsdialog aktiviert ist, dann erhält die bestehende Datei die Erweiterung .orig. Wenn bereits eine .orig-Datei existiert, wird diese überschrieben. Wenn Sie einen weiteren Vergleich starten bzw. beenden und noch nicht gespeichert haben, dann fragt KDiff3, ob Sie Speichern, Abbrechen oder ohne zu speichern fortfahren möchten. (KDiff3 fängt allerdings keine System-Signale ab. Wenn Sie KDiff3 also mit dem Signal „kill“ beenden, gehen Ihre nicht gespeicherten Daten verloren.)

Zeilenenden werden entsprechend dem zugrunde liegenden Betriebssystem gespeichert. Unix-Varianten verwenden ein Zeilenvorschub-Zeichen \n, und Win32-basierte Systeme benutzen Wagenrücklauf + Zeilenvorschub \r\n >. KDiff3 behält die Zeilenenden der Quelldateien nicht bei, darum sollten Sie KDiff3 auch nicht mit Binärdateien verwenden.