Sie können in jedem Textfenster von KDiff3 nach einer Zeichenfolge suchen. Der Menüeintrag Bearbeiten → Suchen ... (Strg+F) öffnet einen Dialog, in dem Sie die zu suchende Zeichenfolge eingeben können. Sie können außerdem das Fenster auswählen, in dem gesucht wird. Eine Suche beginnt immer am Anfang. Mit dem Menüeintrag Bearbeiten → Weitersuchen ... (F3) können Sie zum nächsten Vorkommen der gesuchten Zeichenfolge springen. Wenn Sie eine Suche über mehrere Fenster aktiviert haben, wird erst das erste Fenster vom Begin bis zum Ende durchsucht, danach das nächste Fenster usw.