Les finestres d'entrada no mostren un cursor, de manera que les seleccions s'han de fer amb el ratolí; fent clic amb el botó esquerre del ratolí a l'inici, mantenint premut el botó del ratolí i movent-se fins al final, on el deixareu anar de nou. També podeu seleccionar una paraula fent-hi doble clic. A l'editor de sortida de la fusió també podreu seleccionar mitjançant el teclat mantenint premuda la tecla Maj i navegant amb les tecles de cursor.

Si la selecció excedeix l'interval visible, podreu moure el ratolí sobre les vores de la finestra, el qual farà que el KDiff3 es desplaci en aquesta direcció.

Per a seleccions molt grans també podreu utilitzar les tecles de navegació mentre manteniu premut el ratolí. Per exemple, empreu Re Pàg i Av Pàg per a anar ràpidament a una determinada posició. A la posició final deixeu anar el botó del ratolí.

Per a seleccionar tot el que hi ha a la finestra actual, utilitzeu l'element de menú Edita → Selecciona-ho tot (Ctrl+A).

Per a copiar al porta-retalls, haureu de prémer el botó Copia (Ctrl+C o Ctrl+Insert). Però hi ha una opció Copia la selecció automàticament a l'element Editor en el diàleg de configuració. Si està habilitada, el que seleccioneu es copiarà immediatament i no caldrà copiar explícitament. Però aneu amb compte en emprar-ho, perquè el contingut del porta-retalls podria destruir-se de manera accidental.

Retalla (Ctrl+X o Maj+Supr) copia al porta-retalls i suprimeix el text seleccionat.

Enganxa (Ctrl+V o Maj+Insert) insereix el text en el porta-retalls a la posició del cursor o sobre la selecció actual. Si enganxeu a qualsevol de les finestres d'entrada de diferències, el contingut del porta-retalls es mostrarà en aquesta finestra i la comparació es reiniciarà immediatament. Això és útil per a obtenir ràpidament un fragment de text d'algun lloc i comparar-lo amb una altra cosa sense crear primer els fitxers.