El desament només es permetrà quan es resolguin tots els conflictes. Si el fitxer ja existeix i l'opció Fitxers per a còpia de seguretat està habilitada a l'element Carpeta en el diàleg de configuració, el fitxer existent serà reanomenat amb una extensió .orig, però si aquest fitxer existeix, s'eliminarà. Quan sortiu o comenceu una altra anàlisi de diferències i les dades encara no s'hagin desat, el KDiff3 demanarà si les voleu desar, cancel·lar o continuar sense desar. (El KDiff3 no capta cap senyal. Per tant, si «mateu» una instància del KDiff3, es perdran les vostres dades).

Els finals de línia es desen d'acord amb el mètode normal en el sistema operatiu subjacent. Per als Unices, cada línia acaba amb un caràcter de salt de línia «\n», mentre que per als sistemes basats en Win32 cada línia acaba amb un retorn de carro + un salt de línia «\r\n». El KDiff3 no conservarà els finals de línia dels fitxers d'entrada, el qual també voldrà dir que no heu d'emprar el KDiff3 amb els fitxers binaris.