Es realitza molta navegació amb les barres de desplaçament i el ratolí, però també es pot navegar amb les tecles. Si feu clic a qualsevol de les finestres, podreu utilitzar les dreceres Fletxa esquerra, Fletxa dreta, Fletxa amunt, Fletxa avall, Re Pàg, Av Pàg, Inici, Fi, Ctrl+Inici i Ctrl+Fi com ho faríeu en altres programes. La columna de la visió de conjunt que hi ha al costat de la barra de desplaçament vertical dels fitxers d'entrada també es pot utilitzar per a navegar fent-hi clic.

També podreu utilitzar la roda del ratolí per a desplaçar-vos cap amunt i cap avall.

A l'editor de la sortida de la fusió també podreu utilitzar les altres tecles per a editar. Podeu alternar entre el mode d'inserció i sobreescriptura amb la tecla Insert. (De manera predeterminada és el mode inserció).

Un clic amb el botó esquerre del ratolí dins de qualsevol columna del resum, se sincronitzaran totes les finestres per a mostrar el començament del mateix grup de línies (com s'explica a la secció Establir el grup actual, sincronitzar la fusió i la posició de la vista de les diferències).

La barra de botons també conté nou botons de navegació amb els quals podreu saltar a la diferència actual/primera/última, a la diferència següent/anterior (Ctrl+Fletxa avall/Ctrl+Fletxa amunt), al conflicte anterior/següent (Ctrl+Av Pàg/Ctrl+Re Pàg), o al conflicte sense resoldre anterior/següent. Recordeu que per al KDiff3 un «conflicte» que no s'ha resolt automàticament a l'inici de la fusió seguirà sent un «conflicte» fins i tot si es resol. D'aquí la necessitat de distingir els «conflictes no resolts».