As janelas de entrada não mostram nenhum cursor, assim as seleções precisam ser feitas com o mouse, ao clicar com o botão direito do mouse no início, mantendo o botão do mouse pressionado e indo até ao fim, momento em que solta o botão do mouse de novo. Você poderá também selecionar uma palavra se fizer duplo-clique nela. No editor do resultado da mesclagem poderá também selecionar com o teclado se mantiver a tecla Shift pressionada enquanto navega com as teclas de cursores.

Se a seleção ultrapassar o intervalo visível, você poderá passar o mouse por cima das bordas da janela, o que fará com que o KDiff3 se desloque nessa direção.

Para as seleções muito grandes, você poderá também usar as teclas de navegação, enquanto mantém pressionado o mouse. Por exemplo, use o Page Up e o Page Down para ir rapidamente para uma dada posição. Na posição final, solte o botão do mouse.

Para selecionar tudo na janela atual, use o item de menu Editar → Selecionar tudo (Ctrl+A).

Para copiar para a área de transferência, você precisa pressionar o botão Copiar (Ctrl+C ou Ctrl+Ins). Porém, existe uma opção para Copiar automaticamente a seleção no item Editor na janela de configurações. Se esta estiver ativa, então tudo o que selecionar será copiado imediatamente, sem que você tenha de copiar explicitamente. Todavia, preste atenção ao usar isto, uma vez que o conteúdo da área de transferência poderá ser destruído por acidente.

Cortar (Ctrl+X ou Shift+Del) copia para a área de transferência e apaga o texto selecionado.

Colar (Ctrl+V ou Shift+Ins) insere o texto da área de transferência na posição do cursor ou na seleção atual. Se colar numa das janelas de entrada de diferenças, o conteúdo da área de transferência será mostrado nessa janela e a comparação irá reiniciar imediatamente. Isto é útil se quiser pegar rapidamente num pedaço de texto de qualquer local e compará-lo com outra coisa, sem ter que criar arquivos primeiro.