O salvamento só será permitido quando todos os conflitos tiverem sido resolvidos. Se o arquivo já existir e a opção Arquivos de backup estiver ativa no item Pasta na janela de configurações, então o arquivo existente terá o seu nome mudado de modo a ter uma extensão .orig, mas se existir um destes arquivos ele será removido. Quando você sair ou iniciar outra análise de diferenças e os dados não tiverem sido salvos ainda, então o KDiff3 irá perguntar se você deseja salvar, cancelar ou prosseguir sem salvar. (O KDiff3 não lida com nenhum sinal ('signals') do sistema. Por isso, se fizer um "kill" da instância do KDiff3, então os seus dados serão perdidos.)

Os fins de linha são salvos de acordo com o método normal do sistema operacional subjacente. Para os UNIXes, cada linha é terminada com um caractere de 'linefeed' "\n", enquanto que nos sistemas baseados em Win32, cada linha termina com um 'carriage-return' + um 'linefeed' "\r\n". O KDiff3 não preserva os fins de linha dos arquivos de entrada, o que também significa que você não deverá usar o KDiff3 com arquivos binários.