O Trojitá apresenta uma interface em três áreas que deverá ser familiar para todas as pessoas que já usaram o e-mail anteriormente. Do lado esquerdo aparece uma lista com todas as suas pastas de e-mail, sendo a INBOX e mais algumas. Do lado direito existem duas áreas: a área superior que mostra a lista de todas as mensagens na pasta actual, aparecendo na área inferior a mensagem seleccionada na área superior. O Microsoft® Outlook, o KMail e muitos outros clientes de e-mail usam a mesma disposição.

Contudo, estão disponíveis outras disposições. No menu Ver, basta seleccionar Disposição → Ampla para escolher uma disposição em três áreas, adequada para ecrãs mais amplos, onde aparecem as suas pastas na coluna da esquerda, as mensagens na coluna central e o conteúdo da mensagem seleccionada na coluna direita.

Quando seleccionar uma mensagem, a mesma será apresentada em baixo. Carregue com o botão direito do rato sobre a mensagem seleccionada na lista acima, caso deseje apagar a mensagem, gravá-la no disco como um ficheiro de texto ou ver todos os cabeçalhos.

Para responder ou encaminhar uma mensagem, use os botões na barra de ferramentas, dado não existirem atalhos de teclado definidos de momento. Escolha a Resposta Privada para responder apenas ao remetente. Escolha Responder a Todos se desejar enviar uma resposta ao remetente e a todas as pessoas nas linhas Para: ou CC. Se a mensagem chegou através de uma lista de correio devidamente configurada, a opção Responder à Lista de Correio estará também disponível.