Com o KDE, a configuração é gravada em .config/kid3rc e o estado da aplicação em .local/share/kid3/kid3staterc. Como uma aplicação do Qt™, este ficheiro encontra-se em .config/Kid3/Kid3.conf. No Windows®, a configuração é guardada no Registry e no macOS® é guardada num ficheiro 'plist'.

A variável de ambiente KID3_CONFIG_FILE pode ser usada para definir a localização do ficheiro de configuração.