Het interface van Trojitá heeft drie panelen die bekent voor komen voor iedereen die eerder e-mail heeft gebruikt. Links is een lijst met al uw e-mail-mappen, waarschijnlijk INBOX en enkele anderen. Rechts zijn twee andere panelen: het bovenste paneel heeft een lijst met alle berichten uit de geselecteerde map en in het onderste paneel is de inhoud van de in het bovenste paneel geselecteerde berichten te zien. Microsoft® Outlook, KMail en veel andere e-mailcliënts gebruiken dezelfde layout.

Er zijn ook andere indelingen beschikbaar. Ga naar het menu Beeld en selecteer Opmaak → Breed om een indeling met drie panelen te selecteren die geschikt is voor grotere, bredere schermen, waar uw mappen in de linker kolom worden getoond, de berichten uit de geselecteerde map in de middelste kolom, en de inhoud van het geselecteerde bericht in de rechter kolom.

Wanneer u een bericht selecteert dan wordt deze eronder getoond. Klik met de rechtermuisknop op het geselecteerde bericht in het bovenste paneel waarna u deze kunt verwijderen, als tekst op de harde schijf opslaan of om de kopregels te bekijken.

Om een bericht te beantwoorden of door te sturen kunt u alleen de knoppen op de werkbalk gebruiken omdat er op dit moment nog geen sneltoetsen zijn gedefinieerd. Gebruik Privé antwoord om een antwoord alleen naar de afzender te versturen. Gebruik Aan allen antwoorden als u een antwoord wilt versturen naar de afzender en alle anderen op de Aan: of CC: regels. De keuzemogelijkheid Beantwoorden aan discussiegroep is ook beschikbaar als het bericht arriveerde via een juist-ingestelde discussiegroep.