Con KDE, le impostazioni sono archiviate in .config/kid3rc, lo stato dell'applicazione in .local/share/kid3/kid3staterc. Come applicazione Qt™, questo file è in .config/Kid3/Kid3.conf. Su Windows®. la configurazione è archiviata nel registro, su macOS® in un file plist.

La variabile di ambiente KID3_CONFIG_FILE può essere utilizzata per impostare il percorso del file di configurazione.