Ви можете наказати програмі виконати об'єднання поточного вибраного елемента (файла чи теки) або всіх елементів. Коли ви визначитеся з усіма параметрами дії (у всіх підтеках), можна розпочинати об'єднання.

Пам'ятайте, що якщо ви не вказали теку призначення явно, призначенням буде C у режимі роботи з трьома теками, B у режимі порівняння двох тек, і A або/і B у режимі синхронізації.

Якщо ви вказали теку призначення, вам також слід перевірити, що у ньому наявні всі належні елементи структури. Існують параметри, які можуть призвести до того, що програма не оброблятиме певні елементи під час порівняння і об'єднання тек. Щоб уникнути небажаних сюрпризів, вам слід перевірити наявність позначок навпроти таких пунктів:

Якщо ви змінили параметри так, що список файлів збільшився, вам слід вручну наказати програмі виконати повторне сканування тек за допомогою пункту меню Тека → Пересканувати. Причиною цього є те, що для пришвидшення порівняння KDiff3 уникає порівняння файлів, які не відповідають вказаним на початку критеріям. Якщо ж ви змінили ваші шаблони файлів або тек так, щоб виключити певні файли, список файлів буде негайно оновлено одразу після закриття діалогового вікна параметрів.

Зауважте, що, якщо ви наказали програмі виконати запис до тільки-но створеної теки, бажано, щоб було скопійовано і однакові файли. Для цього слід позначити пункт Показувати однакові файли. Якщо вашою текою призначення є один з тек з початковими даними, вам не доведеться цього робити, оскільки відповідні файли вже зберігатимуться у цій теці.

Якщо вас все задовольняє, решта дій буде простою.

Щоб наказати програмі об'єднати всі пункти, скористайтеся пунктом Почати/Продовжити порівняння тек з меню Тека або натисніть клавішу F7 (типове клавіатурне скорочення). Щоб наказати програмі об'єднати лише поточний пункт, оберіть пункт Виконати операцію для поточного елемента або натисніть клавішу F6.

Якщо через конфлікт типів файлів у списку існують пункти з некоректними діями, програма відкриє вікно повідомлення, у якому буде вказано перелік цих пунктів, отже ви зможете вибрати належну дію для кожного з таких пунктів.

Якщо ви оберете об'єднання всіх пунктів, програма відкриє діалогове вікно, у якому запропонує вибрати один з варіантів: Зробити це, Імітувати це і Скасувати.

KDiff3 виконає вказану дію для всіх пунктів. Якщо потрібне буде втручання користувача (об'єднання окремого файла), програма відкриє вікно об'єднання (див. великий знімок вікна).

Після завершення об'єднання окремого файла, знову скористайтеся пунктом меню Почати/Продовжити об'єднання тек або натисніть клавішу F7. Якщо ви не забули зберегти об'єднаний файл, програма відкриє діалогове вікно, у якому попросить вас це зробити. Потім KDiff3 продовжить обробку наступного з пункту.

Якщо під час виконання KDiff3 дій станеться помилка, програма повідомить вам про неї і покаже докладні відомості про стан. У нижній частині списку міститимуться повідомлення про помилки, які допоможуть вам зрозуміти, у чому полягає проблема. Якщо ви спробуєте продовжити об'єднання (натиснете клавішу F7), KDiff3 надасть вам змогу вибрати між повторенням спроби об'єднання елемента, який спричинив помилку, і його пропуском. Це означає, що перш ніж продовжувати, ви зможете вибрати іншу дію стосовно файла або розв'язати проблему у інших спосіб.

Після завершення процедури об'єднання KDiff3 відкриє вікно повідомлення про завершення дії.

Якщо деякі з елементів було об'єднано окремо, перш ніж було виконано запуск об'єднання тек, KDiff3 врахує це (на час поточного сеансу об'єднання) і не виконуватиме їх повторного об'єднання під час наступного загального об'єднання. Навіть якщо об'єднання було пропущено або результати об'єднання не було збережено, програма вважатиме об'єднання відповідних пунктів завершеним. Стан Виконано з таких елементів буде знято, лише якщо ви зміните дію з об'єднання. Після цього можна буде повторно виконати їх об'єднання.