Sopra ad ogni finestra di testo c'è una «riga informativa». Queste contengono una lettera A, B o C, il nome del file modificabile, un pulsante per la navigazione e il numero della prima riga visibile nella finestra (nota che C è opzionale). Ogni riga informativa appare con un colore diverso.

Quando hai selezionato un altro file con la navigazione, o hai finito di modificare il nome di un file premendo Invio, il nuovo file verrà caricato e confrontato con i file già caricati.

Alle tre finestre di ingresso sono assegnate le lettere A, B e C. A è colorata di blu, B di verde e C di magenta. Questi sono i colori predefiniti, ma puoi cambiarli nell'elemento Colore nella finestra di dialogo delle impostazioni.

Quando si trova una differenza, il colore mostra quale file di ingresso differisce. Quando entrambi gli altri file di ingresso differiscono, il colore usato per evidenziare la situazione sarà il rosso (opzione Colore per i conflitti nell'elemento Colore nella finestra di dialogo delle impostazioni). Questo schema di colori è molto utile nel caso di tre file di ingresso, che discuteremo nella prossima sezione (Fusione).

A sinistra di ogni testo è presente la colonna di «riepilogo». Se ci sono differenze su una riga, la colonna di riepilogo ne mostrerà il colore corrispondente. Nel riepilogo le differenze di soli spazi saranno evidenziate con una griglia. Per i linguaggi di programmazione in cui gli spazi non sono importanti è molto utile notare a colpo d'occhio se è stato cambiato qualcosa di importante (in C e C++ gli spazi sono importanti solamente dentro a stringhe, commenti, direttive al preprocessore e poche altre situazioni molto particolari).

La linea verticale che separa la colonna di riepilogo e il testo è interrotta se il file di ingresso non presenta righe in questo punto. Quando è attivato il ritorno a capo, questa linea verticale sarà punteggiata in corrispondenza delle righe mandate a capo.

Sul lato destro, a sinistra della barra di scorrimento, si può vedere una colonna «riassuntiva». Essa mostra sinteticamente la colonna di sommario dell'ingresso A. Tutte le differenze e i conflitti sono visibili a colpo d'occhio. Quando si usano solo due finestre di ingresso, tutte le differenze appaiono in rosso, perché ogni differenza è un conflitto. Un rettangolo nero incornicia la parte visibile dell'ingresso. Per file di ingresso molto lunghi, quando il numero delle righe è maggiore dell'altezza in pixel della colonna riassuntiva, più righe di ingresso condividono una riga di riassunto. Qui un conflitto ha maggiore priorità rispetto alle semplici differenze, che hanno priorità sul caso di nessuna modifica, così che nessuna differenza o conflitto viene perso. Facendo clic su questa colonna riassuntiva ne verrà visualizzato il testo corrispondente.

A volte l'algoritmo affianca le linee sbagliate. Oppure vuoi confrontare un estratto di testo con del testo in una posizione completamente diversa nell'altro file. Per queste situazioni puoi ordinare manualmente a KDiff3 di allineare certe righe. Seleziona il testo per il quale vuoi migliorare l'allineamento con il mouse, come se volessi copiare e incollare nella prima vista delle differenze, e quindi scegli l'elemento di menu Vista di confronto → Aggiungi allineamento manuale delle differenze (scorciatoia da tastiera Ctrl+Y). Apparirà una barra arancione nella colonna panoramica di fianco al testo scelto. Ripeti l'operazione per la seconda e (se disponibile) terza vista delle differenze. KDiff3 ricalcolerà immediatamente le differenze ogni volta che lo farai, e allineerà automaticamente le righe scelte. Naturalmente qualcuna delle righe selezionate in precedenza potrebbe non corrispondere più.

Attualmente la fusione non supporta l'uso dell'aiuto per le differenze manuali.

In alcuni casi KDiff3 vedrà troppe o troppo poche sezioni di differenze per la fusione. In questo caso puoi unire o dividere le sezioni esistenti.

Aggiungi le nuove sezioni selezionando per prima cosa del testo nelle righe corrispondenti in una delle finestre di ingresso (come quando si copia negli appunti). Scegli quindi l'elemento di menu Fondi → Dividi differenze alla selezione. Le divisioni saranno aggiunte sopra la prima riga e sotto l'ultima del testo selezionato. Se vuoi aggiungere solo una sezione, seleziona il testo partendo da un'altra divisione di sezioni.

Per unire le sezioni in una delle finestre di ingresso, seleziona qualcosa nelle righe che vuoi unire. Puoi anche unire diverse sezioni in un colpo solo. Seleziona quindi l'elemento di menu Fondi → Unisci le differenze selezionate.