Las ventanas de entrada no muestran un cursor, por ello las selecciones se hacen pulsando el botón izquierdo del ratón al inicio, manteniendo pulsado el botón del ratón y moviéndose al final, momento en el que soltará el botón del ratón. También puede seleccionar una palabra con una doble pulsación. En la salida del editor de la fusión puede realizar la selección a través del teclado manteniendo pulsado el botón «mayúsculas» y navegando con las teclas de cursor.

Si la selección excede el rango visible puede desplazar el ratón sobre los bordes de la ventana que harán que KDiff3 se desplace en esta dirección.

Para las selecciones muy largas puede utilizar las teclas de navegación mientras mantiene pulsado el ratón. Por ejemplo, use RePág y AvPág para ir rápidamente a una posición determinada. Al final de la posición suelte el botón del ratón.

Para seleccionarlo todo en la ventana actual utilice el menú «Editar»->«Seleccionar todo» (Ctrl-A).

Para copiar al portapapeles debe pulsar el botón «Copiar» (Ctrl-C o Ctrl-Insertar). Pero también existe la opción «Auto copiar selección». Si está activado, todo lo que seleccione se copiará inmediatamente y no necesitará realizar la copia explícitamente. Ponga atención cuando lo utilice ya que el contenido del portapapeles puede destruirse accidentalmente.

«Cortar» (Ctrl-X o Mayúsculas-Borrar) copia el texto seleccionado al portapapeles y lo borra.

«Pegar» (Ctrl-V o Mayúsculas-Insertar) inserta el texto del portapapeles en la posición del cursor o sobre la selección actual. Si pega algo en cualquier ventana de entrada de diferencia se mostrará el contenido del portapapeles en esta ventana y la comparación se reiniciará inmediatamente. Es práctico si desea guardar rápidamente un trozo de texto de alguna parte y compararlo con algo sin crear los archivos en primer lugar.