Guardar solo estará permitido cuando se hayan resuelto todos los conflictos. Si el archivo ya existe y la opción «Archivos de copia de seguridad» está activada, se cambiará el nombre del archivo existente con la extensión «.orig»; pero si ya existe dicho archivo, se borrará. Cuando salga o inicie otro análisis de diferencias y los datos no se hayan guardado, KDiff3 le preguntará si desea guardar, cancelar o continuar sin guardar (KDiff3 no captura ninguna señal. Por eso, si ejecuta «kill» sobre KDiff3, sus datos se perderán).

Los finales de línea se guardan de acuerdo con el método utilizado por el sistema operativo. Para Unix, cada línea termina con un carácter de nueva línea «\n», mientras que para los sistemas basados en Win-32 cada línea termina con un retorno de carro + un nueva línea «\r\n». KDiff3 no conserva los finales de línea de los archivos de entrada, lo que significa que no debería utilizar KDiff3 con archivos binarios.