У версії для KDE параметри роботи програми зберігаються у файлі .config/kid3rc, стан програми — у файлі .local/share/kid3/kid3staterc.. Програма із використанням лише Qt™ зберігає параметри у файлі .config/Kid3/Kid3.conf. У Windows® налаштування зберігаються у реєстрі. У macOS® — у файлі plist.

Для встановлення шляху до файла налаштувань можна скористатися змінною середовища KID3_CONFIG_FILE.