Обработка каталогов существенно отличается от файлов CVS. Они не находятся под контролем версий, то-есть вы не можете проверить какие каталоги существовали в хранилище в некоторое время. Кроме того каталоги никогда не могут удалятся явно (ожидается удаление их непосредственно в хранилище).

Как замена, CVS следует соглашению, что каталог "не существует" если в версии проекта он пуст. Это может быть предписано использованием опции -P в командах cvs update и cvs checkout. Эта опция может быть установлена в меню Настройки → Удалять пустые каталоги при обновлении.

Каталог можно добавить в репозиторий командой

cvs add имя каталога

которая имеется и в меню Файл → Добавить в репозиторий. Обратите внимание, что добавление каталогов не требует передачи впоследствии.