CVS gère les dossiers d'une manière fondamentalement différente des fichiers ordinaires. Ils ne sont pas soumis au contrôle de révision, c'est-à-dire que vous ne pouvez pas savoir quels fichiers existaient dans le projet à un moment donné. De plus, les dossiers ne peuvent jamais être explicitement supprimés (excepté en les supprimant directement dans le dépôt).

Pour compenser, CVS suit la convention selon laquelle un dossier est dit « non existant » dans une version du projet s'il est vide. Pour respecter cette convention, faites appel à l'option P pour cvs update et cvs checkout. Vous pouvez cocher cette option dans le menu Configuration → Élaguer les dossiers vides lors de la mise à jour.

Un dossier peut être ajouté au dépôt en choisissant Fichier → Ajouter au dépôt... ou en cliquant-droit sur le dossier marqué et en choisissant Ajouter au dépôt... dans le menu contextuel. L'ajout de dossiers ne nécessite pas de validation ultérieure. Cervisia émet la commande

cvs add nom du dossier