Standardna uganka Sudoku 9x9 ima 9 vrstic, 9 stolpcev in 9 kvadratnih blokov velikosti 3x3.

Druge velikosti standardnega sudokuja so 4x4 (zelo enostavno), 16x16 in 25x25 (ne tako enostavno).

Različici Jigsaw in Aztec sta enaki kot standardni sudoku 9x9, le da nekateri bloki niso kvadratni.

Različica XSudoku je popolnoma enaka standardnemu sudokuju z dodatno zahtevo: obe glavni diagonali morata prav tako vsebovati simbole od 1 do 9 enkrat in samo enkrat. KSudoku poudari diagonale, da je to lažje videti.

Različice Nonomino 9x9, Pentomino 5x5 in Tetromino 4x4 so enake kot standardni sudoku, le da nekateri bloki niso kvadratni.

Različica 6x6 je enaka standardnemu sudokuju, le da so bloki šest pravokotnikov 3x2.

Samuraiski Sudoku je sestavljen iz petih standardnih ugank Sudoku, vsaka po 9x9 kvadratov, ki se na vogalih prekrivajo s štirimi bloki 3x3. Vsaka od petih ugank ima 9 vrstic, 9 stolpcev in 9 blokov, ki jih je treba rešiti, simboli v prekrivajočih se kvadratih pa se morajo ujemati z rešitvami dveh standardnih sudokujev 9x9.

Mali Samuraijski Sudoku vsebuje pet ugank 4x4 Sudoku, ki se na vogalih prekrivajo s štirimi kvadratki. Vsaka od petih ugank ima 4 vrstice, 4 stolpce in 4 bloke, ki jih je treba rešiti.

Različica Mlin na veter je sestavljena iz petih standardnih sudokujev 9x9, ki se na vogalih prekrivajo z dvema blokoma 3x3. Je kot samurajski sudoku, vendar je osrednji sudoku 9x9 težje videti. Osem njenih blokov 3x3 si deli z jadri mlina na veter in samo osrednji blok 3x3 ne.

Različica Sohei je še en samurajski tip in ima štiri uganke Sudoku 9x9, ki se na dveh vogalih prekrivajo z blokom 3x3. Osrednji blok 3x3 sestavljanke je prazen.

Različice Roxdoku temeljijo na kockah v treh dimenzijah, vendar so lažje, kot se sliši. Ni vrstic ali stolpcev. Sestavljanka Roxdoku 3x3x3 ima 27 majhnih kock, razporejenih v večjo kocko 3x3x3. Ta vsebuje devet rezin, od katerih vsaka vsebuje 3x3 majhne kocke, in to so kvadratni bloki, ki morajo biti izpolnjeni s številkami od 1 do 9. Roxdoku 4x4x4 ima dvanajst rezin 4x4, Roxdoku 5x5x5 pa petnajst rezin 5x5.

Različica Roxdoku Twin ima dve uganki Roxdoku velikosti 3x3x3, ki si delita vogal. Kotni del mora biti del rešitve obeh kock 3x3x3.

Različica Double Roxdoku vsebuje dve uganki Roxdoku velikosti 3x3x3, ki si delita tri dele vzdolž roba. Robovi morajo biti del rešitve obeh kock 3x3x3.

Različica Samurai Roxdoku ima devet ugank 3x3x3 Roxdoku. Ena je v središču, ostalih osem kock 3x3x3 pa se prekriva z njo, po ena na vsakem vogalu osrednje kocke. Vsak od teh vogalnih kosov mora biti del rešitve dveh kock 3x3x3.

Ubijalske uganke imajo dve različici: Tiny Killer (4x4) in Killer Sudoku (9x9). Oba imata vrstice, stolpce in kvadratne bloke, natanko tako kot v standardnih sudoku ugankah in po popolnoma enakih pravilih. Imajo tudi področja nepravilne oblike, imenovane kletke, kjer se morajo števke vsake kletke sešteti z majhnim številom v kotu kletke in nobena števka se ne sme ponoviti v kletki. Običajno se sestavljanka začne z le nekaj kvadratki, ki vsebujejo simbole. Za rešitev morate uporabiti aritmetiko in običajna pravila Sudokuja. Zaslonska grafika otežuje vizualizacijo prisotnih kvadratnih blokov, vendar jih je lažje videti, če natisnete sestavljanko z uporabo elementa menija Igre → Natisni….

Različice Mathdokuja, znane tudi kot Kenken™, nimajo blokov, ampak le omejitve vrstic in stolpcev, in imajo kletke, kjer morajo števke seštevati, odštevati, deliti ali množiti glede na vrednosti in aritmetične simbole v majhni pisavi njihovih kotičkih. Števka v kletki Mathdoku se lahko ponovi, vendar ne v istem stolpcu ali vrstici. Na primer, oblika L treh kvadratov z zahtevo 5+ ima lahko rešitve 1 3 1 ali 2 1 2, pod pogojem, da enice ali dve niso v isti vrstici ali stolpcu. Upoštevajte, da imajo kletke za odštevanje in deljenje vedno dva kvadrata in dve števki rešitve sta lahko prikazani v katerem koli vrstnem redu. Na primer, 2-kletka bi lahko imela rešitve 1 3 ali 3 1 ali 2 4 ali 4 2, itd.

Ker v uganki Mathdoku ni blokov, je lahko poljubne velikosti od 3x3 do 9x9, privzeto pa je 6x6. Za podrobnosti glejte razdelek Konfiguracija igre. Za lažji začetek je na voljo različica Mathdoku 101 velikosti 4x4.