KDiff3 pode ser usado como uma ferramenta de comparação e mesclagem do Git

Basta adicionar as seguintes linhas ao seu arquivo gitconfig.

[diff]
        tool = kdiff3
[difftool "kdiff3"]
        path = <caminho para o binário do kdiff3 no seu sistema>
[difftool]
        prompt = false
        keepBackup = false
        trustExitCode = false
[merge]
        tool = kdiff3
[mergetool]
        prompt = false
        keepBackup = false
        keepTemporaries = false
[mergetool "kdiff3"]
        path = <caminho para o binário do kdiff3 no seu sistema
>

Para ver a diferença entre dois commits, use git difftool primeiro_hash segundo_hash --tool=kdiff3 --cc algum_arquivo_na_árvore_git

Para mesclar uma branch com o kdiff3, use git merge nome_da_branch && git mergetool --tool=kdiff3

Após resolver os conflitos de mesclagem da maneira usual, basta confirmar as alterações para que o trabalho seja concluído.