Projektutforskaren är huvuddelen i LabPlot med syfte att hantera dess objekt. Objekt organiseras i en trädliknande struktur som representerar förhållandet mellan de olika objekten. Kataloger och underkataloger kan lägga till ytterligare gruppering för de olika objekten.

Projektutforskaren är ett dockningsbart fönster, och kan placeras på godtycklig plats. Användaren kan bestämma vilka kolumner som ska visas genom att markera eller avmarkera intressanta kolumner i den sammanhangsberoende menyn (högerklicka på en tom plats i trädvyn eller på dess rubrik). Dessutom kan listan med visade objekt reduceras genom att tillhandahålla ett filter i textfältet Sök/Filter.