Indatafönstren visar inte någon markör, så markeringar måste göras med musen, genom att klicka med vänster musknapp på början, hålla nere musknappen och gå till slutet, där musknappen släpps upp igen. Du kan också markera ett ord genom att dubbelklicka på det. I editorn för sammanfogningsutdata kan du också markera med tangentbordet, genom att hålla nere skifttangenten och navigera med piltangenterna.

Om markeringen överstiger det synliga området, kan du flytta musen över fönsterkanterna, vilket gör att KDiff3 rullar i den riktningen.

För mycket stora markeringar kan du också använda navigationstangenterna medan musknappen hålls nere. Använd t.ex. Page Up och Page Down för att snabbt gå till en viss position. Släpp upp musknappen på slutpositionen.

Använd menyalternativet Redigera → Markera alla (Ctrl+A) för att markera allting i aktuellt fönster.

För att kopiera till klippbordet måste du trycka på knappen Kopiera (Ctrl+C eller Ctrl+Insert). Men det finns ett alternativ som heter Kopiera automatiskt markering. Om det är aktiverat, kopieras vad du än väljer omedelbart, och du behöver aldrig explicit kopiera. Men var försiktig när du använder detta, eftersom klippbordets innehåll kan förstöras av misstag.

Klipp ut (Ctrl+X eller Skift+Delete) kopierar till klippbordet och tar bort den markerade texten.

Klistra in (Ctrl+V eller Skift+Insert) infogar texten på klippbordet vid markörens position eller istället för den nuvarande markeringen. Om du klistrar in i något av jämförelsefönstren visas klippbordets innehåll i fönstret och jämförelsen startas omedelbart om. Det är användbart om du snabbt vill hämta ett textstycke någonstans och jämföra det med något annat utan att först skapa filer.