O Kompare torna a tarefa de aplicação e anulação das diferenças tão simples como 'apontar e carregar'. Poderá efectuar várias operações de aplicação e anulação de diferenças, dado que todas as operações são efectuadas em memória e não são gravadas nos ficheiros em disco, até que a operação de gravação seja efectuada.
Para aplicar uma diferença, carregue na região realçada da diferença, seleccionando depois a opção → (Espaço).
Para cancelar a aplicação de uma diferença, carregue na região previamente seleccionada para aplicação e escolha depois a opção → (Backspace).
Depois de rever as diferenças entre ficheiros e de ter descoberto todas as diferenças aceitáveis, é possível aplicá-las a todas com uma única operação, seleccionando a opção → (Ctrl+A).
Para reverter todas as diferenças que tenham sido aplicadas, seleccione a opção → (Ctrl+U).