L'esploratore dei progetti è la parte principale di LabPlot, ed ha lo scopo di manipolare i suoi oggetti. Questi sono organizzati in una struttura simile ad un albero, rappresentante la relazione genitore-figlio tra i vari oggetti. Le cartelle e le sotto-cartelle possono introdurre un raggruppamento aggiuntivo per i vari oggetti.

L'esploratore dei progetti è una finestra agganciabile, e può essere spostata in qualsiasi posto; selezionando o deselezionando la colonna di interesse nel menu contestuale (facendo clic con il tasto destro del mouse in un posto vuoto della vista ad albero o sulla sua intestazione) l'utente può determinare quali colonne debbano essere mostrate. Inoltre, l'elenco degli oggetti mostrati può essere ridotto inserendo un filtro nel campo testuale Ricerca/Filtro.