El explorador de proyectos es el componente principal de LabPlot diseñado para manejar estos objetos. Los objetos se organizan en una estructura tipo árbol que representa las relaciones padre-hijo entre los diferentes objetos. Las carpetas y subcarpetas pueden introducir agrupamientos adicionales para los distintos objetos.

El explorador de proyectos es una ventana empotrable y puede ubicarse en cualquier lugar arbitrario. El usuario puede determinar que columnas deben mostrarse seleccionado (deseleccionando las columnas de interés en el menú de contexto (pulsación con el botón derecho del ratón en cualquier lugar vacío de la vista de árbol o su encabezado). Más aún, la lista de objetos mostrados puede reducirse proporcionado un filtro en el área de texto Buscar/Filtrar.