L'Explorador del projecte és la part principal del LabPlot destinat a manejar els seus objectes. Els objectes s'organitzen en una estructura en forma d'arbre que representa les relacions pare-fill entre els diferents objectes. Les carpetes i subcarpetes poden introduir agrupacions addicionals per als diferents objectes.

L'explorador del projecte és una finestra acoblable i es pot col·locar en un lloc arbitrari. L'usuari pot determinar quines columnes s'han de mostrar seleccionant/desseleccionant les columnes d'interès en el menú contextual (feu clic amb el botó esquerre del ratolí sobre un lloc buit en la vista en arbre o la seva capçalera). A més, la llista d'objectes mostrats es pot reduir proporcionant un filtre en el camp de text Cerca/Filtre.