Atès que la majoria dels fitxers d'entrada hauran de ser seleccionables, el programa té un diàleg d'obertura especial:

El diàleg d'obertura permet editar els noms dels fitxers, seleccionant un fitxer mitjançant l'explorador de fitxers mitjançant botó Fitxer... o permet escollir fitxers recents des de les llistes desplegables. Si torneu a obrir el diàleg, els noms actuals encara hi romandran. El tercer fitxer d'entrada no és obligatori. Si l'entrada per a C roman buida, només es realitzarà una anàlisi de diferències entre dos fitxers.

També podreu seleccionar una carpeta mitjançant el botó Carpeta.... Si s'especifica una carpeta per a A, s'iniciarà una comparació/fusió de carpetes. Si A especifica un fitxer però B, C o la sortida especifiquen una carpeta, llavors el KDiff3 utilitzarà el nom de fitxer d'A en les carpetes especificades.

Si se selecciona la casella de selecció Fusiona, llavors la línia Sortida esdevindrà editable. Però no caldrà especificar immediatament el nom del fitxer de sortida. També ho podreu posposar fins al desament.

El botó Configura... obrirà el diàleg de configuració, de manera que podreu establir les opcions abans d'executar l'anàlisi.