Tal como a adição de ficheiros, a remoção dos mesmos é feita em dois passos: Primeiro, os ficheiros têm de ficar registados como removidos, escolhendo a opção Ficheiro → Remover do Repositório... ou carregando com o botão direito do rato nos ficheiros seleccionados e escolhendo a opção Remover do Repositório... do menu de contexto. A janela de Remoção do CVS irá aparecer, indicando os ficheiros que seleccionou e pedindo-lhe uma confirmação. Carregue em OK, para que o Cervisia emita o comando

cvs remove -f nomes de ficheiros

Depois de isto, esta modificação prévia terá de ser confirmada, possivelmente em conjunto com outras modificações ao projecto.