As pastas são tratadas fundamentalmente de forma diferente dos ficheiros normais pelo CVS. Elas não estão sob o controlo de versões, isto é você não pode dizer que pastas existiam no projecto numa dada altura. Para além disso, as pastas nunca podem ser removidas explicitamente (excepto se as remover directamente no repositório).

Como substituto, o CVS segue a convenção de que uma pasta "não existe" numa dada versão de um projecto se estiver vazia. Essa convenção poderá ser reforçada se usar a opção -P no cvs update e no cvs checkout. Esta opção poderá ser definida no menu Configuração → Limpar as Pastas Vazias ao Actualizar.

Pode-se adicionar uma pasta ao repositório com a opção do menu Ficheiro → Adicionar ao Repositório.... ou carregando com o botão direito na pasta desejada e escolhendo Adicionar ao Repositório... no menu de contexto. Repare que, em comparação à adição de ficheiros, a adição das pastas não necessita de uma confirmação ('commit'). O Cervisia envia o comando

cvs add nome_directoria