CVS gestiona las carpetas de modo distinto a los archivos. Estos carecen de control de revisiones, es decir no puede saber qué directorios existían en el proyecto en un momento dado. Por ello no es posible eliminar expresamente directorios, salvo que lo hagamos directamente en el repositorio.

Siguiendo esto, CVS considera los directorios vacíos como inexistente. Podemos obligarle a eliminarlos usando la opción -Pcvs update y cvs checkout. Esto puede configurarse en el menú Preferencias → Eliminar directorios vacíos al actualizar.

Es posible añadir un directorio al repositorio seleccionando Archivo → Añadir al repositorio... o bien pulsando con el botón derecho sobre la carpeta seleccionada y eligiendo Añadir al repositorio... en el menú contextual. Observe que a diferencia del proceso de añadir archivos, al añadir directorios no es necesario realizar una entrega posterior. Cervisia ejecutará la orden

cvs add nombredir