Kalzium dispose de plusieurs options de configuration auxquelles vous pouvez accéder en ouvrant la boîte de dialogue de configuration, en choisissant → depuis le menu.

Dans l'onglet Modèles, vous pouvez changer les différentes couleurs pour chacun des types de modèles.

Au lieu d'utiliser un gradient linéaire pour afficher les propriétés d'un élément dans le tableau périodique, Kalzium peut utiliser un gradient logarithmique.
Dans l'onglet Gradients, vous pouvez vérifier les propriétés que vous souhaitez afficher avec un gradient logarithmique.
Vous pouvez choisir la couleur de la valeur maximale et la couleur de la valeur minimale pour le gradient.

Dans l'onglet Unités, vous pouvez choisir les unités de température et d'énergie. Vous pouvez choisir si vous préférez kJ/mol par défaut ou bien choisir eV. La température est en kelvin par défaut mais vous pouvez la changer pour des degrés Celsius ou des degrés Fahrenheit.

En utilisant la page Calculateur, vous pouvez configurer les calculateurs de Kalzium.