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En UNIX® y Linux® todas las carpetas están ordenadas según una estructura jerárquica simple. Comenzando desde la carpeta superior (también llamada directorio raíz), la estructura desciende de forma que las ramas contienen varios archivos y subcarpetas. Esto significa que puede ir de un directorio a otro «subiendo» hasta que alcance un punto común y después «descendiendo» por las subcarpetas adecuadas hasta alcanzar su objetivo.
La posición de cualquier archivo o carpeta en la estructura (también llamada árbol de directorios) se puede describir por su «ruta», que es una lista simple de carpetas por los que hay que descender hasta llegar a la carpeta de destino. Por ejemplo, /home/pam es la subcarpeta pam de la subcarpeta home de la carpeta raíz de más alto nivel, y /home/pam/palabras.txt es el archivo palabras.txt en esa subcarpeta. El prefijo «/» en esas rutas representa la carpeta de más alto nivel.
Cada carpeta accesible en su sistema —, incluidas aquellas de las otras particiones del disco duro, de un dispositivo USB o de un CD-ROM —, aparecerán en el árbol que parte de /; sus rutas exactas dependerán de cómo configuró su sistema (consulte también la sección Dispositivos extraíbles).
Cada usuario en un sistema UNIX® / Linux® tiene su propia carpeta «personal» para guardar sus archivos personales y preferencias, por ejemplo, /home/juan y /home/maría. El símbolo ~ se usa frecuentemente para representar el directorio de inicio del usuario, de modo que ~/carta.txt se refiere al archivo carta.txt en mi carpeta personal.
Note que el término «carpeta» se usa frecuentemente en lugar de «directorio».