Med KDE, lagras inställningarna i .config/kid3rc och programmets tillstånd i .local/share/kid3/kid3staterc. Som ett Qt™-program, finns filen i .config/Kid3/Kid3.conf. På Windows®, lagras inställningarna i registret, och på macOS® i en plist-fil.

Miljövariabeln KID3_CONFIG_FILE kan användas för att ange inställningsfilens sökväg.