В версии для KDE параметры программы будут храниться в файле .config/kid3rc. Если программа собрана как приложение Qt™, параметры будут храниться в файле .config/Kid3/Kid3.conf. В операционной системе Windows® конфигурация будет храниться в реестре, а в системе macOS® — в файле plist.

Переменная среды KID3_CONFIG_FILE позволяет указать путь к файлу конфигурации.