O Trojitá apresenta uma interface em três painéis que deve ser familiar a todas as pessoas que já usaram e-mail. Do lado esquerdo aparece uma lista com todas as suas pastas de e-mail, provavelmente a INBOX e algumas outras. Do lado direito existem dois painéis: o superior, que mostra a lista com todas as mensagens na pasta atual e o inferior, que exibe a mensagem selecionada no painel superior. O Microsoft® Outlook, o KMail e muitos outros clientes de e-mail usam este mesmo layout.

Entretanto, estão disponíveis outros layouts. No menu Exibir, basta selecionar Layout → Panorâmico para escolher um layout com três áreas, adequada para telas maiores, onde as suas pastas aparecem na coluna da esquerda, as mensagens da pasta selecionada na coluna central e o conteúdo da mensagem selecionada na coluna da direita.

Quando selecionar uma mensagem, ela será apresentada abaixo. Clique com o botão direito do mouse sobre na mensagem selecionada no painel superior, caso deseje excluir a mensagem, salvá-la no disco como um arquivo de texto ou ver todos os cabeçalhos.

Para responder ou encaminhar uma mensagem, use os botões da barra de ferramentas, porque ainda não existirem atalhos de teclado definidos. Escolha a Responder de forma privada para responder apenas ao remetente. Escolha Responder a todos se desejar enviar uma resposta ao remetente e a todas as pessoas das linhas Para: ou CC:. Se a mensagem chegou através de uma lista de discussão devidamente configurada, a opção Responder à lista de discussão também estará disponível.