Unter KDE werden die Einstellungen in .config/kid3rc gespeichert, der Zustand der Applikation in .local/share/kid3/kid3staterc. Als Qt-Anwendung liegt diese Datei in .config/Kid3/Kid3.conf. Unter Windows wird die Konfiguration in der Registry gespeichert, unter macOS in einer plist-Datei.

Die Umgebungsvariable KID3_CONFIG_FILE kann gesetzt werden, um den Pfad der Konfigurationsdatei zu bestimmen.