A gravação só será permitida quando todos os conflitos tiverem sido resolvidos. Se o ficheiro já existir e a opção de "Salvaguarda dos ficheiros" estiver activa, então o ficheiro existente verá o seu nome mudado de modo a ter uma extensão ".orig", mas se existir um destes ficheiros será removido. Quando você sair ou iniciar outra análise de diferenças e os dados não tiverem sido gravados ainda, então o KDiff3 irá perguntar se você deseja gravar, cancelar ou prosseguir sem gravar. (O KDiff3 não lida com nenhuns sinais ('signals') do sistema. Por isso, se fizer um "kill" ao KDiff3, então os seus dados serão perdidos.)

Os fins de linha são gravados de acordo com o método normal do sistema operativo subjacente. Para os UNIXes, cada linha terminada com um carácter de 'linefeed' "\n", enquanto que nos sistemas baseados em Win32, cada linha termina com um 'carriage-return' + um 'linefeed' "\r\n". O KDiff3 não preserva os fins de linha dos ficheiros de entrada, o que também significa que você não deverá usar o KDiff3 com ficheiros binários.