Normalmente a lista de junção da pasta fica visível enquanto um único ficheiro é comparado ou reunido. Com o rato, o utilizador poderá mover a barra separadora que delimita a lista de ficheiros das janelas de diferenças do texto. Se não a quiser, poderá desactivar a "Janela Repartida" no menu "Directoria". Aí, poderá usar a opção "Comutar a Vista" no menu "Directoria" para alternar entre a lista de ficheiros e a janela de diferenças no texto que irá então ocupar o ecrã completo.

Provavelmente, você irá preferir um duplo-click do rato simples sobre um ficheiro para o poder comparar. Contudo, existe também um item no menu "Directoria". Poderá também juntar directamente um único ficheiro sem iniciar a junção de pastas, através da opção "Juntar o ficheiro actual" do menu "Juntar". Ao gravar o resultado, o estado ficará como terminado e o ficheiro não será reunido de novo se for iniciada uma junção de pastas.

Mas repare que esta informação de estado será perdida quando voltar a executar uma pesquisa de pastas: menu "Directoria"->"Pesquisar de novo"

Em alguns casos, terá de comparar ou juntar ficheiros com nomes diferentes (p.ex., o ficheiro actual e a cópia de segurança na mesma pasta).

Seleccione o ficheiro exacto, carregando no ícone na coluna A, B ou C. O primeiro ficheiro seleccionado será então marcado com um "A", enquanto o segundo e o terceiro ficará com um "B" e um "C", independentemente da coluna em que se encontram. Só poderá escolher até três ficheiros desta forma.

Siga com a escolha de "Comparar os Ficheiros Explicitamente Seleccionados" ou "Juntar os Ficheiros Explicitamente Seleccionados" no menu "Pasta". Por conveniência, estes itens de menu também aparecem como um menu de contexto, quando carregar com o botão direito no último ficheiro seleccionado.

A comparação ou junção de um ficheiro irá acontecer na mesma janela. Se este método for usado para as pastas, será aberta uma nova janela.